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降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析
为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式,本研究利用Codon W 1.4.2和在线唐人游游戏CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC_(1) (46.01%) >GC_(2) (38.98%) >GC_(3) (27.80%);有效密码子数(ENC)范围为37.66 ~ 54.43,及ENC值>45的有37个;RSCU >1的密码子有29个,其中16个以U结尾、12个以A结尾;这些说明其偏好以AT结尾,且偏性较弱。中性绘图分析显示GC_(12)与GC_(3)的相关系数0.250,相关性不显著,回归系数为0.394;ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05 ~ 0.15区间的基因有39个;且PR2-plot分析在碱基的使用频率方面,U > A、G > C;说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响;19个密码子被确定最优密码子。本研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。
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